Село засноване в 1686 році.
За даними на 1864 рік у казеній слободі, центрі Вільхуватської волості Вовчанського повіту, мешкало 2560 осіб (1261 чоловічої статі та 1299 — жіночої), налічувалось 298 дворових господарств, існувала православна церква, відбувалось 8 щорічних ярмарків та базари.
Слобода була центром Другого поліцейського стану Вовчанського повіту і тут знаходився становий пристав.
Станом на 1914 рік кількість мешканців зросла до 4398 осіб.
Село постраждало внаслідок геноциду українського народу, проведеного урядом СССР в 1932—1933 роках, у Вільхуватці та Зарубинці кількість встановлених жертв — 771 людина.
